Le fonctionnement d'un stérilisateur UV passe par une ampoule fluorescente spéciale qui émet de la lumière à une longueur d'onde de 253.7 nanomètres. Comme l'eau de l'aquarium est filtrée à travers la chambre UV, elle est exposée à la lumière et irradiée.
Contrairement aux approches chimiques de la désinfection de l'eau, les UV fournissent une inactivation rapide et efficace des micro-organismes par un processus physique. Lorsque des bactéries, des virus et des protozoaires sont exposés aux longueurs d'onde germicides de la lumière UV, ils sont rendus incapables de se reproduire et d'infecter.
La stérilisation par UV est une méthode de désinfection qui utilise la lumière ultraviolette de courte longueur d'onde (UV-C) pour tuer ou inactiver les micro-organismes en détruisant les acides nucléiques et en perturbant leur ADN, les laissant incapables d'exécuter des fonctions cellulaires vitales.